Я склоняюсь к тому, что кабель ко второму диску поврежден. На нем раньше и ДВД не работал. Точнее он также нормально инициализировался, диски лопал, но не мог их прочитать.
Ой, а зачем тогда спрашивать, не поменяв кабель?
Можно диск установить во внешний бокс и таким образом его отформатировать, однако, поместив обратно, - не факт, что можно будет им пользоваться...