Есть новости!
1. Глюк с количеством дорожек больше двух локализован и "исправлен".
Очередная уловка Apple поддалась мне

Итак, как я уже говорил, для пущей совместимости, дорожки должны быть именованы следующим образом и идти в следующем порядке:
1. Video track, "Main Program", English, h.264, On, Group None
2. Audio track, "Stereo Audio", English, AAC, On, Group 1
3. Audio track, "Surround Audio", English, AC3, Off, Group 1
4. Audio track, "Stereo Audio", Russian, AAC, Off, Group 2
5. Audio track, "Surround Audio", Russian, AC3, Off, Group 2
6. Subtitle track, "Anything", English, 3GPP, On, Group 3
7. Subtitle track, "Anything", Russian, 3GPP, Off, Group 3
Результат:

Именно флаг Alternate Group, дает нам возможность правильно предоставить информацию в iTunes и девайсы и тогда все получается тип-топ.
В некоторых случае возникает проблема с форматами Audio файлов. Иногда в исходнике есть только DTS нужной нам дорожки. Это можно решить погуглив на предмет таких программ как dcadec (libdca) и aften
После того как вы установите (нужен Xcode) эти утилиты, конвертировать DTS в AC3 будет чертовский просто:
dcadec -o wavall "inputDTS.dts" | aften - "outputAC3.ac3"
Иногда попадаются фанаты формата FLAC, которые предоставляют нам только Multichannel FLAC дорожку. Это тоже лечится. При помощи утилиты XLD вы можете сконвертировать FLAC в WAV ну а дальше dcadec & aften. Сегодня я обнаружил что XLD не умеет писать файлы размером больше 4Гб, (WAV конечно же получается больше), багрепорт отправлен автору утилиты, надеюсь на скорейшее исправление.